O nicho do frontispício alberga uma figura pintada de Nossa Senhora da Piedade, em calcário, datada do século XVI, admitindo-se que o edifício seja da mesma época.
Não se sabe se foi originalmente construída pela Santa Casa da Misericórdia de Alfândega da Fé, mas no início do século XVIII já era propriedade sua.
Situada na zona mais antiga da Vila, ficava dentro do perímetro da antiga muralha, entretanto desaparecida, próxima de uma das portas de entrada no castelo. A área envolvente era maior do que na atualidade e designava-se “rossio da Misericórdia”.
Não se tendo encontrado vestígios da igreja matriz intramuros, uma das hipóteses que se coloca é que tenha existido no mesmo espaço, embora com edifício diferente.
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